青山学院大学教員情報

■ 基幹教員

主要授業科目担当

■ 担当科目

科学・技術の視点（総合科目）,ゲノム,生体分子,生命情報と生体分子,分子遺伝学,分子遺伝学と遺伝子資源の応用,遺伝学,バイオインフォマティクス入門,バイオインフォマティクス,生命科学Ａ,生命科学の最前線,生命科学実験Ⅰ,生命科学実験Ⅱ,化学・生命科学輪講Ⅰ,化学・生命科学輪講Ⅱ,化学・生命科学輪講Ⅲ,卒業研究Ⅰ,卒業研究Ⅱ,生命科学特別輪講Ｃ,生命科学特別輪講Ｄ,理工学特別実験・演習Ｃ,理工学特別実験・演習Ｄ,生命科学研究法Ａ,バイオインフォマティクス特論,ゲノム情報科学

■ 専門分野及び関連分野

バイオインフォマティクス, 生物物理学, ゲノム科学, タンパク質科学

■ 学歴・学位

1.	青山学院大学理工学部物理学科卒業
2.	青山学院大学大学院理工学研究科物理学専攻博士前期課程修了
3.	青山学院大学博士(理学)

■ 職歴

1.	1986/04～1996/03	東京農工大学工学部文部技官
2.	1996/04～1997/04	東京農工大学工学部助手
3.	1997/05～2000/06	株式会社ヘリックス研究所主任研究員
4.	2000/07～2001/03	通産省工業技術院電子技術総合研究所主任研究官
5.	2001/04～2008/03	奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科客員教授
6.	2001/04～2003/03	独立行政法人産業技術総合研究所生命情報科学研究センター研究チーム長
7.	2003/04～2007/03	独立行政法人産業技術総合研究所生命情報科学研究センター副研究センター長
8.	2006/04～	早稲田大学理工学術院客員教授
9.	2007/04～2012/03	独立行政法人産業技術総合研究所生命情報科学研究センター主幹研究員
10.	2008/04～	お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科客員教授
11.	2010/04～	東京大学大学院農学生命科学研究科特任教授
12.	2012/04～	青山学院大学理工学部化学・生命科学科教授
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■ 所属学会

1.	1987/04～	日本生物物理学会
2.	1990/04～	日本バイオインフォマティクス学会
3.	1990/04～	日本物理学会

■ 学生指導及び学内行政分担

1.	2019/04/01～2021/03/31	青山学院大学アカデミックライティングセンター副センター長
2.	2019/04/01～2021/03/31	青山学院大学万代記念図書館(相模原分館）長
3.	2021/04/01～2023/03/31	青山学院大学アカデミックライティングセンター副センター長
4.	2021/04/01～2023/03/31	青山学院大学万代記念図書館(相模原分館）長

■ 研究課題・受託研究・科研費

1.	1995/04～	バイオインフォマティクス技術を用いた、タンパク質の構造・機能予測個人研究
2.	2008/04～2011/03	嗅覚システムの総合的理解を目指した研究研究委託費による研究
3.	2001/04～	Gタンパク質共役型受容体の網羅的データベース　（SEVENS）国内共同研究
4.	2005/04～2006/03	膜タンパク質中のリガンド結合部位に関するゲノムワイドな解析国内共同研究
5.	2004/04～2005/03	ゲノムワイドな構造･機能分類による膜蛋白質の機能理解：G蛋白質共役型受容体国内共同研究
6.	1995/04～1997/03	膜タンパク質の立体構造予測重点領域研究
7.	2002/04～2003/03	ゲノムワイドな膜蛋白質の構造、機能　分類：G蛋白質共役型受容体への応用特定領域（Ｃ）　ゲノム情報科学　研究項目D03
8.	2003/04～2004/03	ゲノムワイドな構造･機能分類によるG蛋白質共役型受容体の機能理解特定領域Ｃ
9.	2004/04～2005/03	ゲノムワイドな構造･機能分類による膜蛋白質の機能理解：G蛋白質共役型受容体特定領域Ｃ
10.	2005/04～2006/03	ゲノムワイドな構造･機能分類による膜蛋白質の機能理解：G蛋白質共役型受容体ゲノム特定4 領域比較ゲノム
11.	2005/04～2007/03	膜タンパク質中のリガンド結合部位に関するゲノムワイドな解析特別研究員奨励費
12.	2007/04～2008/03	Gタンパク質共役型受容体の網羅的データベース　（SEVENS）研究成果公開促進費
13.	2008/04～2009/03	Gタンパク質共役型受容体の網羅的データベース　（SEVENS）研究成果公開促進費
14.	2008/04～2011/03	嗅覚システムの総合的理解を目指した研究基盤研究（B）
15.	2009/04～2010/03	Gタンパク質共役型受容体の網羅的データベース　（SEVENS）研究成果公開促進費
16.	2013/04～2014/03	SEVENS: Gタンパク質共役型受容体の機能解析統合環境研究成果公開促進費（データベース）
17.	2013/04～2018/03	細胞膜の異質界面における分子理解と新機能創成基盤の形成その他の補助金・助成金
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■ 社会的活動

1.

2008/04～2012/03

東京高等裁判所、東京地方裁判所所属, 専門委員

■ 委員会・協会等

1.	2011/10～2017/09	日本学術会議　連携会員連携会員・幹事
2.	2011/07～	SACLA選定委員会委員委員
3.	2011/04～	文部科学省　科学技術・学術審議会臨時委員　研究計画・評価分科会委員
4.	2009/04～2011/01	文部科学省　科学技術・学術審議会臨時委員　研究計画・評価分科会委員
5.	2008/10～2010/03	ERATO 中間・事後評価委員主査
6.	2008/10～	内閣府統合データベースタスクフォース委員委員
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■ 研究業績（著書・論文等）

1.	論文	Bioinformatics Tools for Predicting GPCR Gene Functions. Adv Exp Med Biol.　(Splinger) 205-224頁（単著） 2013/09
2.	論文	Identification of a binding element for the cytoplasmic regulator FROUNT in the membrane-proximal carboxy-terminal region of chemokine receptors CCR2 and CCR5. Biochem J. doi:10.1042/BJ20130827 （共著） 2013/10
3.	著書	膜タンパク質構造予測のバイオインフォマティクス 204-213頁（単著） 2013/10
4.	その他	バイオインフォマティクスによるGPCRの構造・機能解析臨床神経科学（中外医学社） 1238-1239頁（共著） 2013/11
5.	論文	Structural Elements of the Signal Propagation Pathway in Squid Rhodopsin and Bovine Rhodopsin 115,6172-6179頁（共著） 2011/04
6.	論文	Functional and Structural Overview of G-Protein-Coupled Receptors Comprehensively Obtained from Genome Sequences Phalmaceuticals, 4,652-664頁（共著） 2011/04
7.	論文	Discrimination of Golgi Type II Membrane Proteins Based on Their Hydropathy Profiles and the Amino Acid Propensities of Their Transmembrane Regions Bioscience Biotechnology and Biochemistry 82-88頁（共著） 2011/01
8.	論文	A bioinformatics strategy to produce a cyclically developing project structure Synthesiology 1-12頁（共著） 2010
9.	論文	Highly selective tuning of a silkworm　olfactory receptor to a key mulberry leaf volatile Curr. Biol 81-890頁（共著） 2009
10.	論文	TMFunction: database for functional residues in membrane proteins. Nucleic Acids Res D201-D204頁（共著） 2009/01
11.	論文	The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori Insect Biochemistry and Molecular Biology Insect Biochemistry and Molecular Biology 1036-1045頁（共著） 2008
12.	論文	TMBETADISC-RBF: Discrimination of beta-barrel membrane proteins using RBF networks and PSSM profiles. Comput. Biol. Chem 227-231頁（共著） 2008
13.	論文	The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. Nucleic Acids Res D793-D799頁（共著） 2008
14.	論文	Current developments on beta-barrel membrane proteins: sequence and structure analysis, discrimination and prediction Curr. Protein Pept. Sci 580-599頁（共著） 2007
15.	論文	Identification of glycosyl transferases focusing on Golgi transmembrane region Trends in Glycoscience and Glycotechnology 41-47頁（共著） 2007
16.	論文	TMB finding pipeline: novel approach for detecting beta-barrel membrane proteins in genomic sequences J Chem. Inf. Model 2456-2461頁（共著） 2007
17.	論文	TMBETA-GENOME: database for annotated beta-barrel membrane proteins in genomic sequences Nucleic Acids Res. D314-D316頁（共著） 2007
18.	論文	Odorant Receptor Map in the Mouse Olfactory Bulb: In Vivo Sensitivity and Specificity of Receptor-Defined Glomeruli Neuron 857-869頁（共著） 2006
19.	論文	Influence of amino acid properties for discriminating outer membrane proteins at better Accuracy Biochemica et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics 1493-1497頁（共著） 2006
20.	論文	Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns Bioinformatics 1211-1216頁（共著） 2006
21.	論文	Discrimination of outer membrane proteins using machine learning algorithms Proteins: Structure Function and Bioinformatics 1031-1037頁（共著） 2006
22.	論文	Statistical analysis and prediction of functional residues effective for GPCR-G-protein coupling selectivity PROTEIN Engineering Design & Selection 277-283頁（共著） 2006
23.	論文	Pivotal function for cyteplasmic protein FROUNT in CCR2-mediated monocyte chemotaxis Nature immunology 827-835頁（共著） 2005
24.	論文	Structural Basis for a Broad But Selective Ligand Spectrum of a Mouse Olfactory Receptor: Mapping the Odorant-Binding Site J. Neurosci 1806-1815頁（共著） 2005
25.	論文	"Large-scale analysis of human alternative protein isoforms: pattern classification and correlation with subcellular localization signals Nucleic Acids Res. 2355-2363頁（共著） 2005
26.	論文	GRIFFIN: a system for predicting GPCR-G-protein coupling selectivity using support vector machines and a hidden Markov model Nucleic Acid Res. W148-W153頁（共著） 2005
27.	論文	TMBETA-NET:discrimination and prediction of membrane spanning beta-strands in outer membrane proteins Nucleic Acids Res W164-W167頁（共著） 2005
28.	論文	A Simple Statistical Method for Discriminating Outer Membrane Proteins with Better Accuracy Gene 53-62頁（共著） 2005
29.	論文	Automatic gene collection system for Genome-Scale overview of G-Protein coupled receptors in Eukaryotes Gene 63-73頁（共著） 2005
30.	論文	Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes. Gene 53-62頁（共著） 2005
31.	論文	Structural Analysis of Residues Involving Cation-Pi Interactions in Different Folding Types of Membrane Proteins Int. J. Biol. Macromol 55-62頁（共著） 2005
32.	論文	Application of residue distribution along the sequence for discriminating outer memebrane proteins Computational Biology and Chemistry 135-142頁（共著） 2005
33.	論文	GENIUS II: A database system for assigning coding regions in complete genomes to protein three-dimensional structures Bioinformatics 596-598頁（共著） 2004
34.	論文	Neural Network Based Prediction of Transmembrane beta-strand Segments in outer membrane proteins J. Compt. Chem 762-767頁（共著） 2004
35.	論文	Influence of cation-Pi interactions in protein-DNA complexes Polymer, 633-639頁（共著） 2004
36.	論文	Role of non-covalent interactions for determining the folding rate of two-state proteins Biophys Chem 263-272頁（共著） 2004
37.	論文	Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones PLoS. Biol. 0856-0875頁（共著） 2004
38.	論文	Variation of Amino Acid Properties in All-beta Globular and Outer Membrane Protein Structures Int. J. Biol. Macromol 93-98頁（共著） 2003
39.	論文	"SEVENS”,Nucleic Acids Research Nucleic Acids Research. （共著） 2003
40.	論文	Human Full-length Pre-mRNA Sequence Dataset for Computational Gene Prediction and Alternative Splicing Analysis Genome Informatics Series 412-413頁（共著） 2003
41.	論文	An Algorithm for Classification of Alternative Splicing and Transcriptional Initiation and Its Genome-Wide Application 424-425頁（共著） 2003
42.	論文	Bioinformatics Studies on Transmembrane Strand Proteins Genome Informatics, Series 555-556頁（共著） 2003
43.	論文	Correlated Mutation Analysis of C2H2 Zinc Finger Domains Genome Informatics Series 565-566頁（共著） 2003
44.	論文	GENIUS II: A database system including complete genome ORFs that are assigned to protein three-dimensional domains Genome Informatics Series 517-518頁（共著） 2002
45.	論文	SEVENS: Comperative Collection of Human Seven Transmemebrane Helix Receptors 13,511-512頁（共著） 2002
46.	論文	Classification of C2H2 Zinc Finger Domains Using Support Vector Machines Genome Informatics Series 314-315頁（共著） 2002
47.	論文	HUNT: launch of a full-length cDNA database from the Helix Research Institute. Nucleic Acids Res. 185-188頁（共著） 2001
48.	論文	Classification and Analysis of Inter-Helical Loop Segments in Membrane Proteins Genome Informatics Series 332-333頁（共著） 2001
49.	論文	Dataset Construction for Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Genome Informatics Series 423-423頁（共著） 2001
50.	論文	An Automated System for finding seven Transmembrane Helix Receptors from Human Genome Genome Informatics Series 425-426頁（共著） 2001
51.	論文	A Novel Measure Characterized by a Polar Energy Surface　Approximation for Recognition and Classification of Transmembrane Protein Structures Proteins: Struct. Funct. and Gennet 504-517頁（共著） 2000
52.	論文	Using the CATH domain database to assign structures and functions to the genome sequences. Biochem. Soc. Trans. 269-275頁（共著） 2000
53.	論文	A triangle lattice model that predicts transmembrane helix configuration using a polar jigsaw puzzle Protein Eng 71-778頁（共著） 2000
54.	論文	An integrated analysis and database system for full-length cDNA Genome Informatics Series 12-23頁（共著） 2000
55.	論文	Gene Discovery of G-protein Coupled Receptors from Human Genome Genome Informatics Series 410-411頁（共著） 2000
56.	論文	Polarity Difference Score: A New Measure for Recognition and Classification of Transmembrane Protein Structures Genome Informatics Series 412-413頁（共著） 2000
57.	論文	Combining sensitive database sequence searches with multiple intermediates to detect distant homologues Protein Eng 95-100頁（共著） 1999
58.	論文	Genome analysis: Assigning protein coding regions to three-dimensional structures Protein Sci. 771-777頁（共著） 1999
59.	論文	Optimal configuration of pyrene excimer induced by the excimer-forming two-probe nucleic acid hybridization method Nucleic Acids Symp. Ser. 83-84頁（共著） 1997
60.	論文	GoodMotif: The System for Finding High Quality Motifs That Can Discriminate a Unique Protein Family Genome Informatics Series 342-343頁（共著） 1997
61.	論文	Ｉnteraction stabilizing tertiary structure of bacteriorhodopsin studied by denaturation experiments Proteins: Struct. Funct. and Gennet. 350-362頁（共著） 1995
62.	論文	A Continuum Theory for the Prediction of Lateral and Rotational Positioning of alpha-Helices in Membrane Proteins: Bacteriorhodopsin Proteins: Struct. Funct. and Gennet. 363-367頁（共著） 1995
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■ 研究業績（招待講演）

1.	2010/11/09	“Seven transmembrane helix receptors (7TMR) identified from Silkworm Genome”
2.	2010/10/22	ゲノム情報から探るＧタンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）の構造・機能空間
3.	2008/12/04	ゲノム解析から探るGPCR多様化のメカニズム
4.	2008/06/10	ゲノムから見るGPCR構造の多様性と共通性
5.	2007/12/22	Gタンパク質共役型受容体（GPCR）の網羅的機能解析システム：SEVENS & GRIFFIN "
6.	2007/09/06	ゲノムから俯瞰する嗅覚受容体クラスター
7.	2007/09/02	昆虫の7 回膜貫通型タンパク質の解析
8.	2006/06/06	“Sequence and structure features of GPCRs, which are effective to determine the GPCR and G-protein binding selectivity”
9.	2005/06/30	GRIFFIN：GPCR-G蛋白質結合選択性予測システム
10.	2004/11/02	GPCRのバイオインフォマティクス：Orphan 受容体の機能予測に向けて
11.	2004/05/08	バイオインフォテイクス技術を用いたGPCR遺伝子の網羅的発見と解析
12.	2004/03/30	Gタンパク質共役型受容体の網羅的機能分類
13.	2003/11/02	GPCR関連のバイオインフォマティクス（かずさアカデミアパーク）
14.	2003/10/18	Comprehensive Overview of GPCR from bioinformatics approach（パシフィコ横浜会議センター）
15.	2003/09/25	膜タンパク質のインフォマティクスに関する新しい課題（朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター）
16.	2003/09/04	"Overview of GPCRs, comprehensively predicted from human genome"
17.	2003/06/18	ヒトGPCR遺伝子の網羅的インシリコ探索（日本化学会化学会館）
18.	2002/05	ヒトGPCR遺伝子の網羅的インシリコ探索（日本薬学会館）
19.	2001/11/14	Genome-wide Analysis of Human G-Protein Coupled Receptors
20.	2001/08	ヒトゲノム中にG蛋白質共役型受容体はいくつ隠されていたか？（バイオインフォマティクスによるアプローチ）
21.	2001/06	極性表面に注目した膜タンパク質分類
22.	1998/10	立体構造メカニズムを考慮した膜タンパク質構造分類
23.	1997/07/01	分子間相互作用を利用した膜タンパク質立体構造予測 (アミノ酸配列の情報解析からのアプローチ
24.	1992/09/22	“A Computer System for Predicting Membrane Protein Structure (MEPSS)”
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■ 研究業績（取得特許）

1.	2006/04/21	タンパク質情報処理装置および方法（特許第3793814号）
2.	2007/02/23	ドメインの判別手法と判別装置（特許第3920207号）
3.	2009/01/16	立体構造データ帰属方法、立体構造データ帰属プログラム及び立体構造（特願2009-007535）