イケダ　マサミ   IKEDA Masami   池田　修己    所属   青山学院大学  理工学部 化学・生命科学科    職種   助教
言語種別	英語
発行・発表の年月	2002/01
形態種別	学術雑誌
査読	査読あり
標題	"Transmembrane topology prediction methods: a re-assessment and improvement by a consensus method using a dataset of experimentally-characterized transmembrane topologies"
執筆形態	共同
掲載誌名	In Silico Biology (IOS Press)
巻・号・頁	pp.19-33
著者・共著者	Masami Ikeda, Masafumi Arai, Demelo M. Lao, Toshio Shimizu
概要	本論文では、これまでに提案されている10種類の膜貫通トポロジー予測法の性能評価を行なった。評価用データセットには文献から収集した実験的根拠に基づく膜貫通トポロジーデータ (TMPDB) 中の非冗長な原核生物種70、真核生物種52配列を用いた。最も高い膜貫通トポロジー予測精度は原核と真核でそれぞれ64.3%、40.4% (いずれもHMMTOP 2.0法) であった。さらに、データセットに対して最高精度を与える予測法の組み合わせによるコンセンサス法を見いだし、予測精度を大きく向上 (原核74.3%、真核46.2%) できることを示した。