イケダ　マサミ   IKEDA Masami   池田　修己    所属   青山学院大学  理工学部 化学・生命科学科    職種   助教
言語種別	英語
発行・発表の年月	2002/12
形態種別	学術雑誌
査読	査読あり
標題	"The presence of signal peptide significantly affects transmembrane topology prediction"
執筆形態	共同
掲載誌名	Bioinformatics (Oxford University Press)
巻・号・頁	pp.562-566
著者・共著者	Demelo M. Lao, Masafumi Arai, Masami Ikeda, Toshio Shimizu
概要	本論文では、膜貫通トポロジーが実験的に検証された膜貫通タンパク質データベースに登録されているシグナルペプチドとミトコンドリア・ターゲットペプチドをN末端に持つ非冗長な膜タンパク質配列（真核生物種19、原核生物種10配列）のアミノ酸配列情報を用いて、既存の10種類の膜貫通トポロジー予測法に適用した。その結果、TMHMM 2.0法とHMMTOP 2.0法以外の8つ手法は、平均約80%の確率でシグナル配列領域を膜貫通領域として誤って予測することが確認された。さらに本論文では、ゲノム配列解析から得られた未知配列に対して低い予測エラーで処理するための手順を提案した。