イケダ　マサミ   IKEDA Masami   池田　修己    所属   青山学院大学  理工学部 化学・生命科学科    職種   助教
言語種別	英語
発行・発表の年月	2003/01
形態種別	学術雑誌
査読	査読あり
標題	"TMPDB: a database of experimentally-characterized transmembrane topologies"
執筆形態	共同
掲載誌名	Nucleic Acids Research (Oxford University Press)
巻・号・頁	pp.406-409
著者・共著者	Masami Ikeda, Masafumi Arai, Toshikatsu Okuno, Toshio Shimizu
概要	本論文では、収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1,074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSwiss-Protなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベースTMPDBとして構築した。TMPDBは膜貫通トポロジー予測法開発や、既存の予測法の改良のためのトレーニングあるいはテストデータセットとして有用である。ウェブサイトからデータの検索、ダウンロードが可能である。