IKEDA Masami    Department   Aoyama Gakuin University  Department of Chemistry and Biological Science, College of Science and Engineering    Position   Assistant Professor
Language	English
Publication Date	2002/01
Type	Academic Journal
Peer Review	Peer reviewed
Title	"Transmembrane topology prediction methods: a re-assessment and improvement by a consensus method using a dataset of experimentally-characterized transmembrane topologies"
Contribution Type	Collaboration
Journal	In Silico Biology (IOS Press)
Volume, Issue, Page	pp.19-33
Author and coauthor	Masami Ikeda, Masafumi Arai, Demelo M. Lao, Toshio Shimizu
Details	本論文では、これまでに提案されている10種類の膜貫通トポロジー予測法の性能評価を行なった。評価用データセットには文献から収集した実験的根拠に基づく膜貫通トポロジーデータ (TMPDB) 中の非冗長な原核生物種70、真核生物種52配列を用いた。最も高い膜貫通トポロジー予測精度は原核と真核でそれぞれ64.3%、40.4% (いずれもHMMTOP 2.0法) であった。さらに、データセットに対して最高精度を与える予測法の組み合わせによるコンセンサス法を見いだし、予測精度を大きく向上 (原核74.3%、真核46.2%) できることを示した。