IKEDA Masami    Department   Aoyama Gakuin University  Department of Chemistry and Biological Science, College of Science and Engineering    Position   Assistant Professor
Language	English
Publication Date	2002/12
Type	Academic Journal
Peer Review	Peer reviewed
Title	"The presence of signal peptide significantly affects transmembrane topology prediction"
Contribution Type	Collaboration
Journal	Bioinformatics (Oxford University Press)
Volume, Issue, Page	pp.562-566
Author and coauthor	Demelo M. Lao, Masafumi Arai, Masami Ikeda, Toshio Shimizu
Details	本論文では、膜貫通トポロジーが実験的に検証された膜貫通タンパク質データベースに登録されているシグナルペプチドとミトコンドリア・ターゲットペプチドをN末端に持つ非冗長な膜タンパク質配列（真核生物種19、原核生物種10配列）のアミノ酸配列情報を用いて、既存の10種類の膜貫通トポロジー予測法に適用した。その結果、TMHMM 2.0法とHMMTOP 2.0法以外の8つ手法は、平均約80%の確率でシグナル配列領域を膜貫通領域として誤って予測することが確認された。さらに本論文では、ゲノム配列解析から得られた未知配列に対して低い予測エラーで処理するための手順を提案した。