IKEDA Masami    Department   Aoyama Gakuin University  Department of Chemistry and Biological Science, College of Science and Engineering    Position   Assistant Professor
Language	English
Publication Date	2003/01
Type	Academic Journal
Peer Review	Peer reviewed
Title	"TMPDB: a database of experimentally-characterized transmembrane topologies"
Contribution Type	Collaboration
Journal	Nucleic Acids Research (Oxford University Press)
Volume, Issue, Page	pp.406-409
Author and coauthor	Masami Ikeda, Masafumi Arai, Toshikatsu Okuno, Toshio Shimizu
Details	本論文では、収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1,074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSwiss-Protなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベースTMPDBとして構築した。TMPDBは膜貫通トポロジー予測法開発や、既存の予測法の改良のためのトレーニングあるいはテストデータセットとして有用である。ウェブサイトからデータの検索、ダウンロードが可能である。