IKEDA Masami    Department   Aoyama Gakuin University  Department of Chemistry and Biological Science, College of Science and Engineering    Position   Assistant Professor
Language	English
Publication Date	2004/02
Type	Academic Journal
Peer Review	Peer reviewed
Title	"Proteome-wide classification and identification of mammalian-type GPCRs by binary topology pattern"
Contribution Type	Collaboration
Journal	Computational Biology and Chemistry (Elsevier)
Volume, Issue, Page	pp.39-49
Author and coauthor	Yasuhito Inoue, Masami Ikeda, Toshio Shimizu
Details	本論文では、Gタンパク質共役型受容体 (GPCR) の候補配列をループの長短の組み合わせを、2ビットのパターン (binary topology pattern) として表現することによって検出する方法を開発した。この方法によって、従来の配列類似性による分類に比べ、GPCRを高精度で分類することができることを明らかにした。さらに、この方法をゲノム配列解読済みの真核生物10種 (208,919 ORFs) に適用し、網羅的にGPCR候補配列 (3,399 ORFs) の検出を行ない、クラス、サブクラス、サブ-サブクラスに分類した。