IKEDA Masami    Department   Aoyama Gakuin University  Department of Chemistry and Biological Science, College of Science and Engineering    Position   Assistant Professor
Language	English
Publication Date	2004/02
Type	Academic Journal
Peer Review	Peer reviewed
Title	"ConPredelite: a highly reliable approach to transmembrane topology prediction"
Contribution Type	Collaboration
Journal	Computational Biology and Chemistry (Elsevier)
Volume, Issue, Page	pp.51-60
Author and coauthor	Jun-Xiong Xia, Masami Ikeda, Toshio Shimizu
Details	本論文では、これまでに提案されている5種類の膜貫通トポロジー予測法を用いて、信頼性の高い予測膜貫通トポロジーモデルを獲得するためのコンセンサス予測法ConPredeliteを開発した。このアプローチでは、次の2つの場合にだけ膜貫通トポロジー予測を成立させる：5つの予測法による膜貫通トポロジーモデルが、(i) 全て一致している、(ii) 膜貫通セグメント本数・位置は全て一致しているが、膜貫通方向が2つに割れる。ConPredeliteは、実験により膜貫通トポロジーが決定された原核生物由来138配列の30%、真核93配列の22%を予測することができ、これらの内、それぞれ98%、95%を正しく予測することができることを示した。